{"hash":"49094214796428821","title":"Retroviral DNA Integration and Latency","description":"The cluster is dominated by GO terms for DNA integration and establishment of integrated proviral latency, with additional signals for DNA replication and host gene regulation via miRNA silencing and DNA methylation. These together suggest a core theme around viral DNA integrating into the host genome and the establishment of latent states, with some ancillary links to germ cell development and signaling pathways that may reflect broader cellular contexts rather than a primary focus of the cluster. Confidence: Medium","confidence":"","size":13,"edges":2,"triangles":0,"max_degree":2,"top_function":null,"members":[{"accession":"NP_001389896.1","go_terms":["GO:2000617","GO:0007286","GO:0007279","GO:1901224","GO:0031054","GO:0035278","GO:0035280","GO:0034587","GO:0070919","GO:0033562","GO:0010586","GO:0090625","GO:0043046","GO:0035087","GO:0033168","GO:0043363","GO:0010501","GO:0072091","GO:0007223","GO:0000335","GO:1905618","GO:0060145","GO:0060213","GO:0016246","GO:0035279","GO:0010050","GO:0070924","GO:0090502","GO:0030718","GO:0060903","GO:1904159","GO:0010267","GO:0010492","GO:0035196","GO:0071442","GO:0010599","GO:0006351","GO:0045947","GO:0006413","GO:0030423","GO:0010216","GO:0030727","GO:0009047","GO:0048015","GO:0051214","GO:2000636","GO:0035194","GO:1902183","GO:0009791","GO:0007140","GO:0055046","GO:0010529"]},{"accession":"XP_066161626.1","go_terms":["GO:0015074","GO:0071031","GO:0010587","GO:0019076","GO:0075713","GO:0019068","GO:0039702","GO:0000398","GO:0030260","GO:0039651"]},{"accession":"XP_015614197.2","go_terms":["GO:1901001","GO:0051245"]},{"accession":"XP_015621145.1","go_terms":["GO:0007250","GO:0000338","GO:0043161","GO:0006446","GO:0060625","GO:1903955","GO:0010387","GO:0043248","GO:0001731","GO:0071033","GO:0000973","GO:0006406"]},{"accession":"XP_015627143.1","go_terms":["GO:0006452","GO:0090084","GO:0006458","GO:0031204","GO:0006986","GO:0071374","GO:0001707","GO:0070843","GO:1901621","GO:0006260","GO:0070389","GO:0097428","GO:0006469","GO:0032781","GO:0006626","GO:0030433","GO:0009408","GO:0045454","GO:0036494","GO:0051259","GO:1900035","GO:0046825","GO:0035719","GO:0071630","GO:0034975"]},{"accession":"XP_015629071.1","go_terms":["GO:0048451","GO:0031440","GO:0033621","GO:0006378","GO:0071050","GO:0048366","GO:0071044","GO:0051607","GO:0071037","GO:0071036","GO:0006955","GO:0042245","GO:0001680","GO:0046677","GO:0036450","GO:0071076","GO:0043630","GO:0006808"]},{"accession":"XP_015630134.2","go_terms":[]},{"accession":"XP_015630929.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_015646241.1","go_terms":["GO:0060707","GO:0003323","GO:0060806","GO:0035270","GO:0060972","GO:0060536","GO:0003198","GO:0007498","GO:0060021","GO:0031069","GO:0010957"]},{"accession":"XP_066162145.1","go_terms":["GO:0015074","GO:0046718","GO:0006310","GO:0006278","GO:0075713","GO:0075732","GO:0006260","GO:0039651","GO:1903704"]},{"accession":"NP_001408468.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_015612063.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_015616795.1","go_terms":["GO:0010458","GO:0060542","GO:0070911","GO:0007035","GO:0000086","GO:2000766","GO:0009734","GO:0031146","GO:0042787","GO:0016032","GO:0009873","GO:0007059","GO:0045910","GO:0007275"]}],"graph":[["XP_015616795.1","XP_015629071.1",0.66],["XP_015616795.1","XP_015630134.2",0.57]],"all_go_terms":{"GO:0035279":1,"GO:0010216":1,"GO:1904159":1,"GO:0007140":1,"GO:0007286":1,"GO:0007223":1,"GO:2000617":1,"GO:0010492":1,"GO:0060213":1,"GO:0033168":1,"GO:0010267":1,"GO:0007279":1,"GO:0006351":1,"GO:0030423":1,"GO:0009047":1,"GO:0071442":1,"GO:0060145":1,"GO:0072091":1,"GO:0010501":1,"GO:0030718":1,"GO:0045947":1,"GO:0043046":1,"GO:1901224":1,"GO:0010599":1,"GO:0055046":1,"GO:0048015":1,"GO:0035280":1,"GO:0035196":1,"GO:0009791":1,"GO:0035278":1,"GO:0034587":1,"GO:0090502":1,"GO:1905618":1,"GO:0010586":1,"GO:0051214":1,"GO:0070919":1,"GO:1902183":1,"GO:0035087":1,"GO:0035194":1,"GO:0031054":1,"GO:2000636":1,"GO:0010529":1,"GO:0000335":1,"GO:0030727":1,"GO:0060903":1,"GO:0070924":1,"GO:0006413":1,"GO:0033562":1,"GO:0043363":1,"GO:0016246":1,"GO:0010050":1,"GO:0090625":1,"GO:0019068":1,"GO:0019076":1,"GO:0010587":1,"GO:0015074":2,"GO:0075713":2,"GO:0039702":1,"GO:0000398":1,"GO:0030260":1,"GO:0071031":1,"GO:0039651":2,"GO:0051245":1,"GO:1901001":1,"GO:0060625":1,"GO:0043248":1,"GO:0071033":1,"GO:0010387":1,"GO:0000973":1,"GO:0043161":1,"GO:0007250":1,"GO:1903955":1,"GO:0006406":1,"GO:0001731":1,"GO:0000338":1,"GO:0006446":1,"GO:1901621":1,"GO:0051259":1,"GO:0070843":1,"GO:0070389":1,"GO:1900035":1,"GO:0097428":1,"GO:0036494":1,"GO:0001707":1,"GO:0071374":1,"GO:0006626":1,"GO:0035719":1,"GO:0034975":1,"GO:0045454":1,"GO:0006260":2,"GO:0031204":1,"GO:0006452":1,"GO:0090084":1,"GO:0032781":1,"GO:0030433":1,"GO:0009408":1,"GO:0046825":1,"GO:0006458":1,"GO:0006469":1,"GO:0071630":1,"GO:0006986":1,"GO:0071076":1,"GO:0006378":1,"GO:0031440":1,"GO:0048451":1,"GO:0071044":1,"GO:0071036":1,"GO:0033621":1,"GO:0006955":1,"GO:0036450":1,"GO:0071037":1,"GO:0071050":1,"GO:0006808":1,"GO:0042245":1,"GO:0043630":1,"GO:0046677":1,"GO:0051607":1,"GO:0001680":1,"GO:0048366":1,"GO:0060021":1,"GO:0060707":1,"GO:0003323":1,"GO:0060536":1,"GO:0007498":1,"GO:0060972":1,"GO:0010957":1,"GO:0060806":1,"GO:0031069":1,"GO:0003198":1,"GO:0035270":1,"GO:1903704":1,"GO:0075732":1,"GO:0046718":1,"GO:0006310":1,"GO:0006278":1,"GO:0060542":1,"GO:0007035":1,"GO:2000766":1,"GO:0009873":1,"GO:0007059":1,"GO:0000086":1,"GO:0045910":1,"GO:0007275":1,"GO:0016032":1,"GO:0070911":1,"GO:0009734":1,"GO:0010458":1,"GO:0042787":1,"GO:0031146":1},"recipe_readded":["NP_001410046.1","XP_015636372.1","XP_015645567.1","NP_001408527.1","XP_066162229.1","XP_015645729.1","XP_015618462.1","XP_066160605.1","XP_015616612.1","XP_015649299.1","XP_015645957.1","XP_015628289.1","XP_015648432.3","XP_015648690.1","XP_025877604.1","XP_015615414.1","XP_015628909.1","XP_015626480.1","XP_015612820.1","XP_015622920.1"]}