{"hash":"2087520436883569860","title":"Nuclear transcription regulation and RNA processing","description":"These proteins appear to participate in nuclear control of gene expression and RNA processing. The top GO terms point to transcription start site regulation by RNA polymerase II, regulation of mRNA splicing, and ncRNA-mediated gene silencing, alongside chromatin-related activities such as histone acetylation and DNA methylation. Additional signals involve nuclear RNA processing and nucleosome dynamics, suggesting a cohesive role in coordinating transcription with RNA maturation and chromatin state. A minority of terms reference cytoplasmic stress granule localization, which may reflect related RNA handling rather than a primary function of the cluster.","confidence":"Medium","size":9,"edges":34,"triangles":70,"max_degree":8,"top_function":"regulatory ncRNA-mediated gene silencing","members":[{"accession":"XP_005778548.1","go_terms":["GO:0006824","GO:0030253","GO:0030153","GO:0017004","GO:0031460","GO:0010949","GO:0046677","GO:0009432","GO:0099040","GO:0046618","GO:0042883","GO:0015734","GO:0008643","GO:0042760","GO:0015910","GO:1900753","GO:0015777","GO:0006855","GO:0019885","GO:0099133","GO:0090374","GO:0046689","GO:0060702","GO:0006289","GO:0015821","GO:0045332","GO:0015803","GO:0000770","GO:0015888","GO:0035461","GO:0043213","GO:0045796","GO:0003333","GO:0043215","GO:0001407","GO:0042953","GO:0072089","GO:0015689","GO:0015886"]},{"accession":"XP_005759608.1","go_terms":["GO:0019061","GO:0006457","GO:0019064","GO:0019068","GO:0030260","GO:0050900","GO:0010849","GO:0000413","GO:0075713","GO:0019076","GO:0019058","GO:0044829","GO:0048453","GO:2000276","GO:0071492","GO:0034389","GO:0006278","GO:0050714","GO:1901407"]},{"accession":"XP_005778628.1","go_terms":["GO:0000184","GO:0071042","GO:0043629","GO:0034476","GO:0071049","GO:0071051","GO:0000472","GO:0009432","GO:1990120","GO:0048026","GO:0014070","GO:0042273","GO:0016973","GO:0070417","GO:0042255","GO:0000388","GO:0035640","GO:0006265","GO:0006260","GO:1902775","GO:1904570","GO:1903241","GO:0010501","GO:1904574","GO:0006269","GO:0034475","GO:0071031","GO:0048701","GO:0006283","GO:0071035","GO:0031124","GO:0071038","GO:0072715","GO:1990416","GO:0000462","GO:0008306","GO:0000464","GO:0018144","GO:0000466","GO:0000467","GO:1903608","GO:0000378","GO:0006310","GO:1902626","GO:0000393","GO:0000390","GO:0090394","GO:0006268","GO:0000716","GO:0000398","GO:0000463","GO:0045944","GO:0016441","GO:1990417","GO:0000480","GO:0001178","GO:0042766","GO:0006306","GO:0006301","GO:0043044","GO:0006605","GO:0070870","GO:0071441","GO:0060303","GO:0006363","GO:0006369","GO:1900050","GO:0019079","GO:0017038","GO:0071894","GO:2000616","GO:0031047","GO:0016584","GO:0006311","GO:0045003"]},{"accession":"XP_005770113.1","go_terms":["GO:0000184","GO:0071042","GO:0043629","GO:0034476","GO:0071049","GO:0071051","GO:0000472","GO:0009432","GO:1990120","GO:0048026","GO:0014070","GO:0042273","GO:0016973","GO:0070417","GO:0042255","GO:0000388","GO:0035640","GO:0006265","GO:0006260","GO:1902775","GO:1904570","GO:1903241","GO:0010501","GO:1904574","GO:0006269","GO:0034475","GO:0071031","GO:0048701","GO:0006283","GO:0071035","GO:0031124","GO:0071038","GO:0072715","GO:1990416","GO:0000462","GO:0008306","GO:0000464","GO:0018144","GO:0000466","GO:0000467","GO:1903608","GO:0000378","GO:0006310","GO:1902626","GO:0000393","GO:0000390","GO:0090394","GO:0006268","GO:0000716","GO:0000398","GO:0000463","GO:0045944","GO:0016441","GO:1990417","GO:0000480","GO:0001178","GO:0042766","GO:0006306","GO:0006301","GO:0043044","GO:0006605","GO:0070870","GO:0071441","GO:0060303","GO:0006363","GO:0006369","GO:1900050","GO:0019079","GO:0017038","GO:0071894","GO:2000616","GO:0031047","GO:0016584","GO:0006311","GO:0045003"]},{"accession":"XP_005786087.1","go_terms":["GO:0000184","GO:0071042","GO:0043629","GO:0034476","GO:0071049","GO:0071051","GO:0000472","GO:0009432","GO:1990120","GO:0048026","GO:0014070","GO:0042273","GO:0016973","GO:0070417","GO:0042255","GO:0000388","GO:0035640","GO:0006265","GO:0006260","GO:1902775","GO:1904570","GO:1903241","GO:0010501","GO:1904574","GO:0006269","GO:0034475","GO:0071031","GO:0048701","GO:0006283","GO:0071035","GO:0031124","GO:0071038","GO:0072715","GO:1990416","GO:0000462","GO:0008306","GO:0000464","GO:0018144","GO:0000466","GO:0000467","GO:1903608","GO:0000378","GO:0006310","GO:1902626","GO:0000393","GO:0000390","GO:0090394","GO:0006268","GO:0000716","GO:0000398","GO:0000463","GO:0045944","GO:0016441","GO:1990417","GO:0000480","GO:0001178","GO:0042766","GO:0006306","GO:0006301","GO:0043044","GO:0006605","GO:0070870","GO:0071441","GO:0060303","GO:0006363","GO:0006369","GO:1900050","GO:0019079","GO:0017038","GO:0071894","GO:2000616","GO:0031047","GO:0016584","GO:0006311","GO:0045003"]},{"accession":"XP_005778350.1","go_terms":["GO:0071042","GO:0001178","GO:1990120","GO:0071049","GO:0042766","GO:0006306","GO:0006301","GO:0043044","GO:0006260","GO:1902775","GO:0006268","GO:0006269","GO:0034475","GO:0034476","GO:0071051","GO:0006283","GO:0072715","GO:0006605","GO:0000462","GO:0000463","GO:0000464","GO:0000466","GO:0000467","GO:0070870","GO:0000393","GO:0000390","GO:0000716","GO:0000398","GO:0071441","GO:0016441","GO:0060303","GO:0018144","GO:1902626","GO:0016973","GO:0042255","GO:0000388","GO:0035640","GO:0006363","GO:0006369","GO:0048701","GO:0008306","GO:1900050","GO:0048026","GO:0042273","GO:1903241","GO:0019079","GO:0017038","GO:0045944","GO:0071894","GO:2000616","GO:0009432","GO:0070417","GO:1904570","GO:0010501","GO:1904574","GO:0071031","GO:0071035","GO:0071038","GO:0031047","GO:0043629","GO:0000378","GO:0016584","GO:0006311","GO:0045003","GO:0090394","GO:1990416","GO:0090669","GO:0030423","GO:0007294","GO:0000349","GO:0070934","GO:0009047","GO:0040022","GO:0009949","GO:0030720","GO:0016457","GO:0034247","GO:0000335","GO:2000623","GO:0060213","GO:0000350","GO:0007076","GO:1903608","GO:0045451","GO:0009951","GO:0045433","GO:0030717","GO:0007317"]},{"accession":"XP_005784788.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_005789312.1","go_terms":["GO:1905663","GO:1902625","GO:0048025","GO:0048026","GO:0075522","GO:0075525","GO:0000380","GO:0016556","GO:0001825","GO:1900363","GO:0002188","GO:0000381","GO:1903586","GO:0006406","GO:0006446","GO:0060211","GO:0031047","GO:0048255","GO:0035278","GO:0001731","GO:0010610","GO:0045292","GO:1901407","GO:0097010","GO:0006376","GO:0034462","GO:0006378"]},{"accession":"XP_005756804.1","go_terms":["GO:0006824","GO:0030253","GO:0030153","GO:0017004","GO:0031460","GO:0010949","GO:0046677","GO:0009432","GO:0099040","GO:0046618","GO:0042883","GO:0015734","GO:0008643","GO:0042760","GO:0015910","GO:1900753","GO:0015777","GO:0006855","GO:0019885","GO:0099133","GO:0090374","GO:0046689","GO:0060702","GO:0006289","GO:0015821","GO:0045332","GO:0015803","GO:0000770","GO:0015888","GO:0035461","GO:0043213","GO:0045796","GO:0003333","GO:0043215","GO:0001407","GO:0042953","GO:0072089","GO:0015689","GO:0015886"]}],"graph":[["XP_005778628.1","XP_005770113.1",0.956],["XP_005778628.1","XP_005784788.1",0.988],["XP_005778628.1","XP_005778350.1",0.987],["XP_005778628.1","XP_005778548.1",0.72],["XP_005778628.1","XP_005789312.1",0.981],["XP_005778628.1","XP_005786087.1",0.979],["XP_005778628.1","XP_005759608.1",0.986],["XP_005756804.1","XP_005759608.1",0.762],["XP_005756804.1","XP_005770113.1",0.625],["XP_005756804.1","XP_005784788.1",0.525],["XP_005756804.1","XP_005778350.1",0.931],["XP_005756804.1","XP_005778548.1",0.683],["XP_005756804.1","XP_005789312.1",0.957],["XP_005756804.1","XP_005786087.1",0.906],["XP_005789312.1","XP_005770113.1",0.986],["XP_005789312.1","XP_005778350.1",0.971],["XP_005789312.1","XP_005778548.1",0.904],["XP_005789312.1","XP_005784788.1",0.978],["XP_005789312.1","XP_005786087.1",0.972],["XP_005789312.1","XP_005759608.1",0.98],["XP_005778548.1","XP_005770113.1",0.502],["XP_005778548.1","XP_005778350.1",0.775],["XP_005778548.1","XP_005786087.1",0.888],["XP_005778548.1","XP_005759608.1",0.693],["XP_005784788.1","XP_005770113.1",0.988],["XP_005784788.1","XP_005778350.1",0.989],["XP_005784788.1","XP_005786087.1",0.989],["XP_005784788.1","XP_005759608.1",0.978],["XP_005778350.1","XP_005770113.1",0.986],["XP_005778350.1","XP_005786087.1",0.991],["XP_005778350.1","XP_005759608.1",0.986],["XP_005770113.1","XP_005786087.1",0.953],["XP_005770113.1","XP_005759608.1",0.988],["XP_005759608.1","XP_005786087.1",0.989]],"all_go_terms":{"GO:0046618":2,"GO:0006289":2,"GO:0015910":2,"GO:0015777":2,"GO:0043213":2,"GO:0030153":2,"GO:0090374":2,"GO:0099040":2,"GO:0015734":2,"GO:0043215":2,"GO:0000770":2,"GO:0045332":2,"GO:0017004":2,"GO:0042760":2,"GO:0006824":2,"GO:0003333":2,"GO:0045796":2,"GO:0046689":2,"GO:0035461":2,"GO:0009432":6,"GO:1900753":2,"GO:0031460":2,"GO:0001407":2,"GO:0010949":2,"GO:0015886":2,"GO:0042883":2,"GO:0019885":2,"GO:0060702":2,"GO:0030253":2,"GO:0042953":2,"GO:0072089":2,"GO:0015689":2,"GO:0015803":2,"GO:0015821":2,"GO:0006855":2,"GO:0099133":2,"GO:0015888":2,"GO:0046677":2,"GO:0008643":2,"GO:2000276":1,"GO:0019068":1,"GO:0048453":1,"GO:0075713":1,"GO:0006457":1,"GO:0044829":1,"GO:0019076":1,"GO:0030260":1,"GO:0050900":1,"GO:0019058":1,"GO:0006278":1,"GO:0034389":1,"GO:0010849":1,"GO:0019061":1,"GO:0019064":1,"GO:0000413":1,"GO:0050714":1,"GO:0071492":1,"GO:1901407":2,"GO:0071441":4,"GO:0001178":4,"GO:1990417":3,"GO:0071035":4,"GO:0014070":3,"GO:0042766":4,"GO:0006306":4,"GO:1903608":4,"GO:0006605":4,"GO:0071051":4,"GO:0006260":4,"GO:1903241":4,"GO:0000462":4,"GO:1902626":4,"GO:0031124":3,"GO:0017038":4,"GO:0060303":4,"GO:0045944":4,"GO:1902775":4,"GO:0034476":4,"GO:0071042":4,"GO:0042255":4,"GO:1904570":4,"GO:0010501":4,"GO:1904574":4,"GO:0006311":4,"GO:0000463":4,"GO:0031047":5,"GO:0006310":3,"GO:0071894":4,"GO:0000378":4,"GO:0070417":4,"GO:1990120":4,"GO:2000616":4,"GO:0016441":4,"GO:0006363":4,"GO:0016584":4,"GO:0045003":4,"GO:0016973":4,"GO:0043044":4,"GO:0019079":4,"GO:1990416":4,"GO:0071031":4,"GO:0006268":4,"GO:0000467":4,"GO:0043629":4,"GO:0006269":4,"GO:0071049":4,"GO:0042273":4,"GO:0000390":4,"GO:0000398":4,"GO:0000480":3,"GO:0008306":4,"GO:0048026":5,"GO:0048701":4,"GO:0090394":4,"GO:0070870":4,"GO:0000184":3,"GO:0006283":4,"GO:0034475":4,"GO:0018144":4,"GO:0006369":4,"GO:0006265":3,"GO:0000388":4,"GO:0035640":4,"GO:0071038":4,"GO:0000716":4,"GO:0006301":4,"GO:1900050":4,"GO:0000466":4,"GO:0000472":3,"GO:0000393":4,"GO:0072715":4,"GO:0000464":4,"GO:0030423":1,"GO:0040022":1,"GO:0016457":1,"GO:0007317":1,"GO:2000623":1,"GO:0007076":1,"GO:0009951":1,"GO:0000349":1,"GO:0090669":1,"GO:0030717":1,"GO:0000335":1,"GO:0000350":1,"GO:0070934":1,"GO:0045451":1,"GO:0034247":1,"GO:0045433":1,"GO:0009949":1,"GO:0030720":1,"GO:0007294":1,"GO:0060213":1,"GO:0009047":1,"GO:0000381":1,"GO:0016556":1,"GO:0001825":1,"GO:0035278":1,"GO:0097010":1,"GO:0034462":1,"GO:0006376":1,"GO:0048255":1,"GO:0001731":1,"GO:0075522":1,"GO:1902625":1,"GO:1900363":1,"GO:0045292":1,"GO:0060211":1,"GO:1903586":1,"GO:1905663":1,"GO:0006378":1,"GO:0006406":1,"GO:0006446":1,"GO:0002188":1,"GO:0010610":1,"GO:0048025":1,"GO:0000380":1,"GO:0075525":1},"recipe_readded":[]}