{"hash":"1245171387681415165","title":"Transcriptional Repression and NF-kappaB Signaling","description":"Enriched GO terms point to repression of transcription by RNA Pol II, histone catabolic processes, and protein ubiquitination, alongside activation steps in the NF-kappaB pathway (I-kappaB phosphorylation and NIK activity). This suggests a cluster of proteins involved in gene expression regulation and signaling that modulates cell survival and chromatin dynamics. Some terms (manganese ion transport, dosage compensation, Wnt receptor catabolic process) appear as outliers and may reflect annotation noise or multifunctionality. ","confidence":"Medium","size":20,"edges":13,"triangles":0,"max_degree":5,"top_function":null,"members":[{"accession":"XP_005765541.1","go_terms":["GO:0038018","GO:0016558","GO:0030433","GO:0060816","GO:0051865","GO:0042787","GO:0046621","GO:1900095","GO:0070936","GO:0060544","GO:0000122","GO:0034121","GO:0043066","GO:0000209","GO:0071157","GO:0033151","GO:0033209","GO:0009048","GO:0036205","GO:0046328","GO:2000620","GO:0042981","GO:0007250","GO:0070512","GO:0085020","GO:0070535","GO:1903265","GO:1903762","GO:1903721","GO:1901253","GO:0090073"]},{"accession":"XP_005765474.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_005766219.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_005768562.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_005794191.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_005759760.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_005760887.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_005766327.1","go_terms":["GO:0006843","GO:0015709","GO:0030302","GO:0000303","GO:0035352","GO:0034198","GO:0032869","GO:0006828","GO:0015886","GO:0090149","GO:0000002","GO:0030974","GO:0000066","GO:1990616","GO:1990544","GO:0035435","GO:0097274","GO:0031921","GO:0060546","GO:0015866","GO:0048250","GO:1990314","GO:0036233","GO:1990845","GO:0061179","GO:0035349","GO:0008637","GO:0046902","GO:0051881","GO:0043490","GO:0007565","GO:0070542","GO:0090152","GO:1990519","GO:0097421","GO:0015742"]},{"accession":"XP_005787804.1","go_terms":["GO:0030206","GO:0036066","GO:1990536","GO:0035436","GO:0036071","GO:0080147","GO:0015786","GO:0036085","GO:0015713","GO:0048527"]},{"accession":"XP_005790636.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_005775591.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_005783779.1","go_terms":["GO:0034729","GO:0000245","GO:0048149","GO:1990108","GO:0071108","GO:0021551","GO:0051568","GO:0001662","GO:0035871","GO:0008583","GO:1904667","GO:0010995","GO:0070537","GO:0010992","GO:1904378","GO:0060013","GO:1903070","GO:0035520","GO:0035523","GO:0008343","GO:0044313","GO:1900425","GO:1901026","GO:0035192","GO:0006355","GO:0006511","GO:0006351","GO:0035616","GO:0010452","GO:0018027","GO:0006469","GO:0033138","GO:0045184","GO:1900037","GO:0014904","GO:0035914","GO:0043516","GO:1903715","GO:0007507","GO:0071549","GO:0000122","GO:1901532","GO:0036158","GO:0018026","GO:1902035","GO:0045944","GO:0060575","GO:0048642","GO:0016579","GO:0006334"]},{"accession":"XP_005785054.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_005794145.1","go_terms":["GO:0000350","GO:0000389","GO:0000380"]},{"accession":"XP_005759696.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_005760514.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_005762129.1","go_terms":["GO:0050976","GO:0030322","GO:0071805","GO:0098914","GO:0030007","GO:0060075","GO:0061577","GO:0048060","GO:0009454","GO:0019228","GO:0086043","GO:0086045","GO:0086047","GO:0086048","GO:0060081","GO:0006828","GO:0060083","GO:0048266","GO:0010961","GO:0048265","GO:0003151","GO:0021590","GO:0007216","GO:0098907","GO:1903444","GO:1902303","GO:0021633","GO:0051592","GO:0045188","GO:0071321","GO:0071320","GO:0098911","GO:0098910","GO:1902259","GO:0060307","GO:1900454","GO:0042310","GO:0097497","GO:0040040","GO:0034767","GO:0016340","GO:0080141","GO:0086029","GO:0043029","GO:0001964","GO:0019233","GO:0050955","GO:0014808","GO:0060372","GO:1901594","GO:0060371","GO:0098912","GO:0034651","GO:0048016","GO:0097623","GO:0071502","GO:0034465","GO:0050960","GO:0050966","GO:0050968","GO:0001666","GO:0003220","GO:0008627","GO:0086002","GO:0071642","GO:0002024","GO:1903244","GO:0030317","GO:0098703","GO:0021679","GO:0009409","GO:0086016","GO:0032342","GO:0071651","GO:0086091","GO:0060453","GO:1990573","GO:2000340","GO:0098719","GO:0043931","GO:0014051","GO:0002724","GO:1903759","GO:0007275","GO:0003031","GO:0051260","GO:0051262","GO:0071313","GO:0043588","GO:0050856","GO:0021750","GO:0030103","GO:0051928","GO:0097050","GO:0010754"]},{"accession":"XP_005771516.1","go_terms":["GO:0006479","GO:0009809","GO:0042135","GO:0009236","GO:0006584"]},{"accession":"XP_005770306.1","go_terms":[]},{"accession":"XP_005759220.1","go_terms":[]}],"graph":[["XP_005762129.1","XP_005765541.1",0.741],["XP_005762129.1","XP_005766219.1",0.657],["XP_005762129.1","XP_005790636.1",0.749],["XP_005765541.1","XP_005770306.1",0.511],["XP_005765541.1","XP_005794145.1",0.832],["XP_005765541.1","XP_005760514.1",0.62],["XP_005766219.1","XP_005794145.1",0.525],["XP_005790636.1","XP_005770306.1",0.556],["XP_005790636.1","XP_005787804.1",0.679],["XP_005790636.1","XP_005759220.1",0.787],["XP_005790636.1","XP_005760514.1",0.928],["XP_005765474.1","XP_005787804.1",0.555],["XP_005765474.1","XP_005760514.1",0.665]],"all_go_terms":{"GO:0036205":1,"GO:0051865":1,"GO:0090073":1,"GO:1903721":1,"GO:0000122":2,"GO:0043066":1,"GO:0009048":1,"GO:0038018":1,"GO:0007250":1,"GO:0046621":1,"GO:0042981":1,"GO:0070512":1,"GO:0034121":1,"GO:0030433":1,"GO:0016558":1,"GO:0000209":1,"GO:0070535":1,"GO:0071157":1,"GO:0042787":1,"GO:1900095":1,"GO:0046328":1,"GO:0085020":1,"GO:0070936":1,"GO:1903762":1,"GO:0060816":1,"GO:1903265":1,"GO:0033151":1,"GO:1901253":1,"GO:2000620":1,"GO:0033209":1,"GO:0060544":1,"GO:0046902":1,"GO:0051881":1,"GO:0015742":1,"GO:0032869":1,"GO:1990314":1,"GO:1990544":1,"GO:1990616":1,"GO:0015866":1,"GO:0000303":1,"GO:0090152":1,"GO:0034198":1,"GO:0035349":1,"GO:0070542":1,"GO:0006843":1,"GO:0008637":1,"GO:0097274":1,"GO:0030974":1,"GO:0035435":1,"GO:0035352":1,"GO:1990845":1,"GO:0031921":1,"GO:1990519":1,"GO:0000002":1,"GO:0097421":1,"GO:0015709":1,"GO:0030302":1,"GO:0061179":1,"GO:0006828":2,"GO:0015886":1,"GO:0036233":1,"GO:0007565":1,"GO:0043490":1,"GO:0060546":1,"GO:0000066":1,"GO:0090149":1,"GO:0048250":1,"GO:0035436":1,"GO:0036071":1,"GO:0015713":1,"GO:0015786":1,"GO:1990536":1,"GO:0036085":1,"GO:0080147":1,"GO:0048527":1,"GO:0036066":1,"GO:0030206":1,"GO:0035520":1,"GO:1904378":1,"GO:1900425":1,"GO:0045184":1,"GO:0007507":1,"GO:0018027":1,"GO:0048642":1,"GO:0048149":1,"GO:0001662":1,"GO:1900037":1,"GO:0016579":1,"GO:0006355":1,"GO:0021551":1,"GO:0060013":1,"GO:0045944":1,"GO:0010452":1,"GO:0000245":1,"GO:0008583":1,"GO:0043516":1,"GO:0010992":1,"GO:0070537":1,"GO:0006511":1,"GO:0035914":1,"GO:0010995":1,"GO:0034729":1,"GO:1903070":1,"GO:0018026":1,"GO:0035871":1,"GO:0006334":1,"GO:0051568":1,"GO:0036158":1,"GO:0008343":1,"GO:1902035":1,"GO:0006351":1,"GO:0014904":1,"GO:0071108":1,"GO:0035192":1,"GO:0035523":1,"GO:1901532":1,"GO:1901026":1,"GO:0006469":1,"GO:0044313":1,"GO:1903715":1,"GO:0035616":1,"GO:0060575":1,"GO:0071549":1,"GO:1904667":1,"GO:1990108":1,"GO:0033138":1,"GO:0000350":1,"GO:0000389":1,"GO:0000380":1,"GO:1903444":1,"GO:0061577":1,"GO:0060453":1,"GO:0051928":1,"GO:0086047":1,"GO:0071642":1,"GO:0050966":1,"GO:0071651":1,"GO:0040040":1,"GO:1903759":1,"GO:0097497":1,"GO:0050968":1,"GO:1902259":1,"GO:0034767":1,"GO:0042310":1,"GO:0048016":1,"GO:0071321":1,"GO:0097050":1,"GO:0086048":1,"GO:0086002":1,"GO:0086045":1,"GO:0014808":1,"GO:0030322":1,"GO:0060081":1,"GO:0050960":1,"GO:0050976":1,"GO:0001964":1,"GO:0071502":1,"GO:0098912":1,"GO:0048060":1,"GO:0060075":1,"GO:0021590":1,"GO:0007216":1,"GO:0034651":1,"GO:0045188":1,"GO:0086016":1,"GO:0071313":1,"GO:0030007":1,"GO:0071805":1,"GO:1900454":1,"GO:0050856":1,"GO:0010961":1,"GO:0086043":1,"GO:0021679":1,"GO:0098914":1,"GO:0003220":1,"GO:1903244":1,"GO:0051260":1,"GO:0051262":1,"GO:0086091":1,"GO:0016340":1,"GO:0003151":1,"GO:0050955":1,"GO:0002024":1,"GO:0080141":1,"GO:0032342":1,"GO:0021633":1,"GO:0030103":1,"GO:1901594":1,"GO:0019228":1,"GO:0003031":1,"GO:0002724":1,"GO:2000340":1,"GO:0086029":1,"GO:0034465":1,"GO:0060083":1,"GO:0048266":1,"GO:0060371":1,"GO:0048265":1,"GO:1990573":1,"GO:0060307":1,"GO:0098719":1,"GO:0098907":1,"GO:0043029":1,"GO:0001666":1,"GO:0043588":1,"GO:0051592":1,"GO:0030317":1,"GO:0060372":1,"GO:0098911":1,"GO:1902303":1,"GO:0007275":1,"GO:0043931":1,"GO:0014051":1,"GO:0008627":1,"GO:0021750":1,"GO:0009454":1,"GO:0098910":1,"GO:0009409":1,"GO:0097623":1,"GO:0071320":1,"GO:0010754":1,"GO:0098703":1,"GO:0019233":1,"GO:0009236":1,"GO:0042135":1,"GO:0009809":1,"GO:0006584":1,"GO:0006479":1},"recipe_readded":["XP_005775274.1","XP_005766825.1","XP_005767718.1","XP_005765651.1","XP_005759947.1","XP_005792633.1","XP_005769092.1","XP_005770091.1","XP_005769782.1","XP_005793328.1","XP_005761922.1","XP_005794612.1","XP_005770676.1","XP_005770040.1","XP_005758772.1","XP_005758679.1","XP_005768001.1","XP_005762151.1","XP_005764345.1","XP_005792646.1"]}